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中国高等航海教育发轫于上海， 1909 年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科开创了我国高等航海教育的先河。 1912 年成立吴淞商船学校， 1933 年更名为吴淞商船专科学校。 1959 年交通部在沪组建上海海运学院。 2004 年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划， 2008 年上海海事大学主体搬迁临港新城。 2009 年学校举行百年校庆系列活动。
上海海事大学是一所以航运、物流、海洋为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学。 2008 年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。
学校设有 2 个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程）， 2 个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程）， 19 个二级学科博士点， 13 个一级学科硕士学位授权点， 59 个二级学科硕士学位授权点， 6 个专业学位硕士授权点， 10 个工程硕士点， 47 个本科专业。拥有 11 个省部级重点研究基地。现有 1 个国家重点（培育）学科， 1 个上海市高峰学科， 2 个上海市高原学科， 9 个部市级重点学科，工程学科进入 ESI 全球前 1% 。 5 个国家级特色专业， 1 个国家级综合改革试点专业， 6 个教育部卓越工程师教育培养计划专业， 17 个上海市本科教育高地。现有 2 个国家级实验教学示范中心， 2 个国家级虚拟仿真实验教学示范中心， 5 个国家级实践教学示范中心， 1 个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮， 4.8 万吨散货教学实习船“育明”轮。
在 2004 年教育部本科教学工作水平评估和 2006 年教育部英语专业教学评估中获得优秀。 2017 年，年度科技总经费达到 3 亿元，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。
实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院（设亚洲邮轮学院）、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院（设马克思主义学院）、徐悲鸿艺术学院、物流科学与工程研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。在 23000 余名学生中，有本科生 17000 余人，各类在校研究生 4000 余人，留学生 700 余名。在 1100 余名专任教师中，有教授 156 名，具有博士学位的教师比例约 60% 。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了大量毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。
学校 2013 年成立中国（上海）自贸区供应链研究院和上海高级国际航运学院。中国（上海）自贸区供应链研究院将自贸区建设与供应链研究有机结合，以提升自贸区产业链建设水平，促进自贸区货物贸易向服务贸易的转型发展，同时推动政府监管职能的转变。上海高级国际航运学院采取国际上先进的商学院运作模式，与全球优秀教育机构资源共享，着力打造国内领先、国际知名的航运金融教育品牌，构筑具有影响力的航运高端人才输出基地。
2008 年，上海市教育委员会、上海市城乡建设和交通委员会、上海海事大学、虹口区人民政府等 20 多家单位共同发起成立上海国际航运研究中心。中心挂靠上海海事大学，是国际航运业发展的研究和咨询机构，为政府和国内外企业与航运机构等提供决策咨询和信息服务，是上海市教委首批建立的“高校知识服务平台”之一。 2014 年，市教委将该平台挂牌为“上海市协同创新中心”。
学校与境外 80 余所姐妹院校建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、合作办学、合作科研、学生交换等。与联合国国际海事组织、波罗的海国际航运公会、挪威船级社等国际知名航运组织 / 机构建立了密切联系。自 2010 年起开设“国际班”，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习“航海技术”“航运管理”等专业。 2011 年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。 2012 年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。