云南农业大学始创于1938年，前身为国立云南大学农学院。1958年独立建成昆明农林学院，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学。1983年成为硕士学位授予单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授予单位，2007年设立博士后科研流动站。2009年以来，学校主动适应云南区域经济社会发展需求，成立了云南农村干部学院、云南省食品安全管理学院、云南省高原特色农业产业研究院，2013年经教育部、科技部批准建设云南农业大学新农村发展研究院。
学校占地面积3803亩，校舍面积62.4万平方米；在职教职工1848人，其中院士1人、高级职称教师700多人；全日制在校生22536人，成教学生8412人；现有22个学院，与23个国家的75所院校建立了交流合作关系，2014年成为中国政府奖学金接收外国留学生院校。
学校有农业生物多样性应用技术国家工程研究中心、国家农科专业基础实验教学示范中心、省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室、中国—东盟教育培训中心等国家级教学、科研和社会服务平台5个；有国家农业农村大数据中心云南分中心、西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心等50个部省级科研平台；有227个校外实践教学基地；省部级重点学科25个，博士后流动站1个，一级学科博士学位授权点3个、二级学科博士学位授权点10个，一级学科硕士学位授权点12个、二级硕士学位授权点学科58个，本科专业72个。有国家级、省级教学团队12个，国家级、省级教学名师31人，获国家级、省级教学成果奖46项，获准立项质量工程项目国家级、省级252项，国家专业综合改革试点专业2个、国家卓越工程师教育培养计划专业2个、国家卓越农林人才教育培养计划项目2个、国家级大学生校外实践教育基地4个、国家级精品资源共享课2门、国家级精品视频公开课1门，云南省区域高水平大学创新人才培养基地建设项目2项，各级“十二五”规划主编教材80种。
学校先后承担联合国全球环境基金、欧盟项目、国家973计划、863计划、科技支撑计划、国家基金重点项目等3100多项。获联合国粮农组织（FAO）科学研究一等奖、国际农业研究（CGIAR）杰出科学奖、国家技术发明二等奖、何梁何利科学技术进步奖、云南省科技进步特等奖等370余项。
朱有勇院士团队的研究论文在《Nature》上作为封面文章全文发表，创建的作物多样性优化种植技术、冬季马铃薯无公害超高产技术被省委省政府列为重大科技成果推广，累计推广应用2亿余亩；李铮友教授团队率先在国内实现杂交粳稻“三系”配套，获全国科学大会奖，创造了杂交粳稻单产1108.55千克的世界纪录；曾养志教授团队潜心研究西双版纳微型猪近交系35年，繁育28世代，居国际领先水平；盛军教授团队围绕云南特色生物资源开发与利用，在农业大数据及普洱茶等大健康食品领域，为云南高原特色农业转型升级提供了重要技术支撑；魏红江教授研究团队与美国科学家成功合作克隆世界首批内源性逆转录病毒活性灭活猪，在异种器官移植研究方面取得多项突破性进展，研究论文在国际学术权威杂志《科学》上发表。
建校近80年来，学校情系稼穑、躬耕疆域，针对云南生物多样性和民族文化多样性特点，围绕国家和地方社会经济发展重大需求和高原特色现代农业发展需求，坚持育人为本、质量立校、人才强校、科研兴校、彰显特色的办学理念，形成了“开学养正培育边疆民族人才，耕读至诚演绎生物资源优势”的办学特色，培养了以朱有勇院士为代表的10余万名具有科学情操、大地情怀、农民情结的专业人才，为国家及区域经济社会发展提供了有力的智力和人才支撑。近年来，学校大力推进综合改革，推进内涵发展和特色发展，办学水平不断提高。先后荣获全国毕业生就业50所典型经验高校、全国创新创业50所典型经验高校、全国就业工作先进单位、全国精神文明建设工作先进单位、全国高校校园文化建设优秀成果奖等荣誉称号。